Началото на музейното дело в град Горна Оряховица е поставено през 1962 г. Първоначалният фонд на музейната сбирка възлиза на около 500 експоната. През следващите десет години усилената събирателска дейност увеличава техния брой неколкократно. 

През 1972 г. е предоставена преустроената двуетажна сграда на ул. „Антим І” № 1 в централната част на града (където Историческият музей се помещава и до днес). Новата експозиция е открита на 02 юни 1973 г. Сградата е с обща квадратура 1210 м². На приземния етаж е изградено фондохранилище, а в двора се намира отделна постройка с 65 м² площ, където се помещават Туристически информационен център и най-новата експозиция "Горнооряховски суджук". 

В структурата на музея влизат още два филиала – Етнографски музей Долна Оряховица (създаден през 1981 г.) и Къща музей „Асен Разцветников” с. Драганово (открита през 1985 г.).
През 2004 г. към структурата на музея е добавен Туристически информационен център.
На Исторически музей – Горна Оряховица е предоставен и прилежащият сграден фонд на трите обекта за оперативно управление. 
През 2008 година юридическото лице Исторически музей – Горна Оряховица е вписано като културна организация в регистъра на Министерство на културата по чл. 14, ал. 4 от Закона за закрила и развитие на културата, за което притежава удостоверение № 128(186)/20.03.2008, издадено от Министерството.
С Решение № 670 от Протокол № 59/30.09.2010 г. на Общински съвет Горна Оряховица от 01 януари 2011 г. Исторически музей – Горна Оряховица получава статут на самостоятелно юридическо лице като второстепенен разпоредител с бюджет на Община Горна Оряховица.
От 2015 година е на делегиран бюджет към община Горна Оряховица (с Решение № 1044, т.8 от Протокол № 60/09.02.2015 г. на Общински съвет Горна Оряховица).

Структурата на музея включва специализиран отдел „История” със следните направления: Археология; Етнография; Туризъм; Фондове; Научен архив. Също така функционира библиотека с над 5000 единици.
Музеят разполага със щанд за сувенири, рекламни издания и книги.
Исторически музей – Горна Оряховица е носител на отличието Най-добър музей за 2009 година в регион Централна Стара планина на Регионална туристическа асоциация „Стара планина“. 

Експозиции

Исторически музей – Горна Оряховица съхранява историческото наследство на града и региона, обособено в шест раздела – Археология, Етнография, Възраждане, Учебно дело, Националноосвободителни борби и Стар градски бит.
В първата част на постоянната експозиция са показани артефакти от двете неолитни селища край града, крепостта Ряховец и село Янтра. Акцентът в нея е голямата колекция от средновековни накити, сред които се открояват сребърни и позлатени прочелници – интересни и рядко откривани украшения за глава. 

В раздел Възраждане са представени образци на дърворезбарското и иконописното изкуство от XIX век, дело на тревненски майстори, и част от олтара на най-старата църква в града. Посетителят може да се запознае с различните занаяти и основния поминък  на ряховчани – търговията. Учебното дело е показано в запазени предмети, документи и снимки, свързани с неговата история, започваща от първите килийни и класни школа в града. 

Важно място в експозицията заемат националноосвободителните борби на българския народ и най-вече участието на Горна Оряховица в Априлското въстание като столица на Първи революционен окръг. Освен запазените оръжия, фотографии и вещи на местните революционери, музеят показна и копие на Горнооряховското бойно знаме. Ушито за въстаниците през 1876 г., то се превръща неизменен свидетел и участник на едни от най-важните събития, свързани с войните за национално освобождение и обединение на българския народ в края на ХIХ век. Пленено заедно с водачите на бунта в Горна Оряховица, година по-късно знамето предвожда опълченците на Шипка, в него се заклеват войниците на майор Данаил Николаев преди Съединението, под него умират героите от Сръбско-българската война през 1885 г.

В разделите Етнография и Стар градски бит е показано традиционното българско облекло на населението в Централна Северна България, датирано от края на XIX век, началото на ХХ век. В експозицията е представен преходът от селско към градско (европейско) облекло – мъжко и дамско, всекидневно и празнично. Също така са изложени аксесоари, украшения и предмети на ювелирното изкуство от епохата. Специално място заемат възстановените в духа на своето време „Модерна дрехарница“ на Елена Семерджиева и част от главната улица на Горна Оряховица в началото на ХХ век. 

В лапидариума, в двора на музея, са експонирани две надгробни плочи от римската епоха открити по време на строителни дейности. Едната от тях представлява съчетание от сцена „погребално угощение“ и принадлежи на жена (Хосия Ф. Абаскант). Датирана е след средата на II до края на III век., от доломитизиран варовик с изписан двуезичен надпис (на латински и старогръцки език). Експонирани са още няколко паметници от същата епоха – надгробна плоча на Тиберий Клавдий Нигер, ара с посветителен надпис, издигната в чест на Зевс, два жертвени камъка с букрании (бичи глави) и каменно съоръжение за производство на вино.

Изложби

Исторически музей – Горна Оряховица ежегодно организира серия тематични изложби, с които по атрактивен начин представя забравени и слабо известни експонати и факти от историята и бита на града.

Горнооряховският музей е създал няколко мобилни колекции, които често гостуват в различни културни институти в страната. Началото е поставено през 2007 г. с поредицата от изложби, озаглавена “Пороците”. В нея са включени следните три експозиции: „Алкохол & Амбалаж”, „Тютюн, енфие & сие“ и „Захар, кафе & сие”. През следващите години са реализирани „Ритмите на избягалото време”, включваща десетки запазени стари грамофони, музикални кутии, радиоапарати и грамофонни плочи; „От кондила до пишещата машина”, представяща историята на средствата за писане през ХІХ и ХХ век; „Шевни машини и ютии”, свързана с историята на шивашката промишленост; „Фенери и светила”, показваща градското, битовото и промишленото осветление преди появата на електричеството и др.

От юни 2014 г. Исторически музей – Горна Оряховица започна инициативата „Семейна събота в музея“ с цел увеличаване на семейните посещения в музея през почивния ден. Проектът стартира с интерактивната изложба „Детето с мен“ и представяне на автентични детски игри – всяка събота от 9.00 до 18.00 часа. През летния сезон на 2015 г. бяха създадени работни ателиета за деца и родители, свързани с опознаване на традиционни обичаи и дейности. Също така всяка лятна събота посетителите могат да се включат в занимателната игра с награди „Загадката на музея”.

На 30 май 2015 г. в музея бе открита нова експозиция "Горнооряховски суджук", посветена на най-известния местен деликатес – горнооряховски суджук. Изложбата представя, чрез запазени оригинални предмети и фотографии, историята на прочутия колбас през вековете – от първите рецепти за приготвяне до получаването на Защитено географско указание през 2011 г.